“三同時”制度旨在從源頭上消除各類建設項目可能產生的污染，從根本上消除環境問題產生的根源，減輕事后治理所要付出的代價，把環境影響控制在生態環境能夠承受的限度之內。其作用主要以“防”為基礎，要求集中力量治理老污染源，嚴格控制新的污染行為，減少污染物的產生和排放量，對已經造成的環境污染和破壞應積極采取措施加以治理，根據環境問題的具體特點和自然規律，改變過去“單純治理、單項治理”的模式，推行綜合整治加強建設項目環境管理，實現全面規劃、合理布局，把環境保護納入國民經濟與社會發展計劃中進行綜合平衡。
2、保證環境保護設施與主體工程同時設計和建設
因為“三同時”制度要求建設項目主體工程必須與污染防治設施同時設計、同時施工，那么，落實好這個制度，就可以保證項目主體工程的設計、建設和污染防治設施工程的設計、建設同時進行。這是防治污染的基礎，是防治污染所需要的硬件建設和污染治理很重要的一環。
3、確保生產經營活動與污染治理同步進行
“三同時”制度強調項目主體工程必須與污染防治設施同時投產使用，這就保證了生產過程中產生污染的過程與污染防治設施對污染進行治理同步進行，而且與主體工程配套建設的污染防治設施必須經環保驗收合格后方能正式投產，這樣就保證所建設的污染防治設施能夠及時把生產過程中產生的污染予以治理，將污染消滅在生產過程中。
4、保證治理污染的效果
“三同時”制度更注重對污染的預防和治理。因此，預防產生新的污染，治理舊的污染，恢復生態環境，是“三同時”制度的重要功能。項目主體工程和污染防治設施同時投產使用，不僅為污染治理奠定了堅實的物質基礎，提供了條件，使徹底治理污染成為可能，而且污染防治設旋停止運行必須提前報環保部門審批，經審查同意后方可停止運行，擅自閑置、拆除或不正常運行的，將承擔相應的法律責任，這樣就保證了治理污染的效果。
